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DNA建庫中PCR擴增子建庫方法應(yīng)用相對較少的原因

更新時間:2021-08-30      點擊次數(shù):2410
   DNA建庫方法是分子生物學(xué)的實驗原理,其本質(zhì)就是在待測片段兩端加上接頭的過程。目前DNA建庫方法按照接頭連接方式不同可分為五類:TA克隆連接接頭建庫、Swift法建庫、轉(zhuǎn)座酶法建庫、PCR擴增子建庫、平末端連接接頭建庫。
  其中平末端連接接頭的方法基于Ion Torrent平臺。與Illumina平臺類似,Ion Torrent平臺的文庫構(gòu)建目的也是在片段化好的DNA片段兩端加上特定接頭,該方法一般包括4個步驟:DNA樣本片段化、末端修復(fù),連接adapter(PI和A/P1和X),選擇性回收DNA片段,文庫PCR富集,純化PCR產(chǎn)物。
  需要注意的是:在Ion Torrent平臺構(gòu)建好的文庫通過油包水PCR種到測序柱子上,文庫中的X或A接頭是測序起始端,而P1接頭是是連到測序珠子的這一端。與Illumina通過采集熒光信號記錄記錄堿基序列的方法不同,Ion Torrent的測序是通過微環(huán)境中pH值短暫的下降被pH電極檢測到并且把測得的值傳給計算機記錄。
  綜上,NGS建庫可以按照接頭加入目的片段的不同分為5種,其中TA克隆連接接頭建庫法應(yīng)用*泛,適用于絕大多數(shù)樣本建庫,是目前商業(yè)化建庫方式的主流;Swift法與TA克隆連接接頭法類似,操作上相對繁瑣,P5接頭和P7接頭是分兩步連接上的;
  轉(zhuǎn)座酶法只需1h 40min即可完成文庫構(gòu)建,可以節(jié)省大量的人力,但是在應(yīng)用上只適用于cDNA和全基因組等文庫的構(gòu)建,且轉(zhuǎn)座酶本身具有偏好性,對后續(xù)的測序質(zhì)量會有一定的影響;
  PCR擴增子建庫是捕獲建庫的一種,適用于臨床背景下靶向基因的研究,平末端連接接頭建庫適用于Ion Torrent平臺,Ion Torrent*相對較低,所以此建庫方法應(yīng)用范圍相對較少。

DNA建庫

 

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